Szajna był artystą osobnym i wszechstronnym: malarzem, twórcą grafik, kolaży i asamblaży, scenografem i reżyserem teatralnym, autorem scenariuszy, teoretykiem sztuki, awangardystą; absolwentem krakowskiej i wykładowcą warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych. Przez całe życie działał na pograniczu sztuk plastycznych i teatralnych. Twórczość Szajny, zarówno w treści, jak i w formie, naznaczona była doświadczeniem Zagłady. Jego wyobraźnię wypełniały martwe i pokawałkowane korpusy manekinów, protezy, szmaty, które kiedyś były ubraniami, buty, których właściciele zniknęli w komorach gazowych, rury luf i pieców krematoryjnych...
Wszystkie te motywy współtworzyły rozpoznawalny, indywidualny styl artysty. Świat po katastrofie, o którym opowiadał w swoich pracach, nie był jednak pozbawiony nadziei – wszystko, co Szajna robił i mówił, można czytać jako próbę jej praktykowania i ocalenia humanistycznych wartości.
Szajna stworzył koncepcję „teatru narracji plastycznej”, w którym wszystkie elementy spektaklu, w tym aktor,podporządkowane są warstwie wizualnej. Zadebiutował w teatrze repertuarowym jako scenograf w 1953 w Opolu; jako reżyser w 1963 w Nowej Hucie; jako autor scenariuszy w 1972 w Warszawie. Punktem zwrotnym w jego drodze do teatru całkowicie autorskiego była współpraca z Jerzym Grotowskim przy Akropolis (1962). Odtąd w spektaklach tworzonych lub współtworzonych przez Szajnę aktor coraz częściej ginął wśród „obiektów znalezionych” na śmietniku współczesności: kukieł, drabin, rur, szmat, butów. Jego najważniejsze dzieło, Replikę, prezentowano w siedmiu kolejnych wersjach przez dwie dekady na całym świecie.
Droga Szajny-malarza zaczęła się w obozie koncentracyjnym w Buchenwaldzie. Ocalały stamtąd trzy rysunki. Pozbawienie podmiotowości, którego doświadczył, stało się centralnym motywem jego twórczości plastycznej (Reminiscencje, cykl Mrowiska). Równocześnie Szajna pozostawał mocno osadzony w tradycji pierwszej i drugiej awangardy. Znajdowało to wyraz zarówno w sposobach pracy z materią (kolaże i asamblaże, „malarstwo materii”, „obiekty znalezione”), jak i w sposobach wykorzystywania przestrzeni (instalacje, sztuka environment). Jego twórczość prezentowana była na całym świecie na kilkudziesięciu wystawach zbiorowych i indywidualnych. Podczas Międzynarodowego Biennale Sztuki w São Paulo w 1989 Szajna został okrzyknięty jednym z pięciu najważniejszych artystów XX wieku.
Działalność teoretyczna Józefa Szajny stanowi szczególny komentarz do obu filarów jego twórczości: plastyki i teatru. Jego pierwszy tekst programowy O nowej funkcji scenografii powstał przy okazji współpracy z Jerzym Grotowskim przy opolskim wystawieniu Akropolis (1962). Jako scenograf, Szajna pisał w nim o poszerzaniu znaczenia przestrzeni scenicznej, a jako przyszły reżyser postulował podporządkowanie warstwy literackiej całościowej koncepcji przedstawienia, bo „wybór dramatu jest zaproszeniem autora do współuczestniczenia, a teatr równoprawnym partnerem”. W latach 1962–2005 artysta ogłosił dziesięć tekstów teoretycznych, które stały się zapisem kształtującej się filozofii jego autorskiego teatru.